Грибы-сапротрофы положительно влияют на экосистему, ускоряя круговорот веществ и энергии. 5 Они разлагают мёртвый субстрат, преобразуя органические вещества в минеральные, и помогают деревьям избавиться от опада и мелких древесных остатков. 5

Также сапротрофы участвуют в образовании гумуса, синтезируя различные циклические соединения, в том числе полимеры типа меланинов. 1 Ещё они играют роль в оструктуривании почвы и подзолообразовательном процессе. 1

Водные сапротрофные грибы способствуют разложению органического вещества в водоёмах, обеспечивая детритом водных беспозвоночных и рыб. 1

Таким образом, грибы-сапротрофы играют важную роль в формировании устойчивых фитоценозов — растительных сообществ. 5