Гидрологические особенности Енисея влияют на судоходство и навигацию следующим образом:

• Мощное течение. 2 В Верхнем и Среднем Енисее скорость течения высока: в межень — 5,6 км/ч, в паводок — 6,9 км/ч. 1 На Казачинском пороге (235 км от Красноярска) скорость течения достигает 18 км/ч, а при различных колебаниях уровня воды — 20–22 км/ч. 1 Большинство судов не могут преодолеть это природное препятствие самостоятельно. 2 Для проводки судов вверх по реке используется специальное судно-туер — дизель-электроход «Енисей». 1
• Поэтапный запуск навигации. 14 На участке Енисея от Красноярска до Ангары и Большого Пита старт перевозок начинается в середине мая. 1 Порт Дудинка для речных судов открывается в начале июня. 1 Навигация на Диксон становится возможной со второй половины июля. 1 Окончание судоходства из-за процесса ледостава происходит в обратном порядке — с севера на юг. 1 Дудинка закрывается для речного судоходства в начале октября, среднее течение Енисея — во второй половине октября. 1 В начале ноября навигация на Енисее завершается полностью. 1
• Судоходство по притокам только в период весеннего половодья. 2 Например, Подкаменная Тунгуска и Нижняя Тунгуска судоходны только в это время. 2

Также на гидрологический режим Енисея существенное влияние оказывают крупные водохранилища. 3 Например, для проводки судов из нижнего бьефа в Красноярское водохранилище и обратно сооружён судоподъёмник. 3