Географическое расположение Башкирского заповедника на стыке Европы и Азии способствует формированию уникальной экосистемы, так как в заповеднике встречаются виды, представляющие как европейскую, так и азиатскую флору и фауну. 14
Некоторые другие факторы, влияющие на уникальность экосистемы заповедника из-за его расположения:
- Переплетение ландшафтных районов хребтов Уралтау и Южный Крака. 1 Долина реки Южный Узян, окружённая многочисленными реками, ручьями и ключами, является переходной зоной между ними. 1
- Рельеф территории, состоящий из невысоких хребтов и высоких гор, способствует формированию различных ландшафтов, покрытых густыми лесами. 1
- Неодинаковое увлажнение и плодородие почв от вершин к подножиям хребтов, на склонах разной крутизны, на разных горных породах сформировало разнообразие растительных сообществ заповедника. 2
- Уникальный микроклимат местности характеризуется суровыми зимами, колебаниями температуры и влажности воздуха. 1
Таким образом, географическое расположение заповедника создаёт условия для обитания множества уникальных видов растений и животных, некоторые из которых являются редкими и нуждаются в особой охране. 13