Географическое положение вулкана Фудзияма влияет на климат и экосистему вокруг него следующим образом:

Климат: на вершине горы преобладает климат тундры с очень низкой температурой и несколькими месяцами в году, когда конус покрыт снегом. 5 У подножия горы климат мягче: зимой дневная температура держится на отметке около +6 °C, а летом — примерно +25 °C. 2

Экосистема: более 60% территории вокруг вулкана покрыто лесами. 1 В северной части распространены хвойные деревья (ель и пихта), а в южной — широколиственные (сосна, кипарис, дуб, клён). 1 Часто встречаются и вечнозелёные леса, например зубчатый дуб и магнолия японская. 1 Также в окрестностях Фудзиямы растут пальмы, фикусы, бананы и другие представители тропиков. 1 В лесах можно встретить японских макак, соболя, ласку, горную антилопу, коротконогого волка. 1