Озеро Натрон поддерживает процветающую экосистему. 12 Она включает солончаковые равнины, пресноводные водно-болотные угодья, фламинго и других озёрных птиц, а также тиляпий (озерная рыба на подобии карпа) и водоросли. 1

В период размножения озеро становится пристанищем для более 2 млн малых фламинго. 1 Птицы используют его в качестве основной питательной среды и устраивают гнёзда на небольших островках, появляющихся там во время сухого сезона. 1

Щёлочные воды озера защищают фламинго от хищников, поскольку мало какие животные решаются подойти близко к этому водоёму. 5

Когда начинаются дожди, озеро получает дополнительный приток пресной воды за счёт осадков. 4 Воды Натрона наполняются пресной дождевой водой, уровень солёности и щёлочности снижается, и вода становится обычного коричневого оттенка. 4