Химический состав вод Иссык-Куля формируется под влиянием нескольких факторов: 12

• Низкая температура воздуха и воды. 1 На химический состав речных вод бассейна озера влияет эта особенность, а также обилие атмосферных осадков, промытость почвенного покрова от легкорастворимых солей, различные типы питания рек и широкое распространение кристаллических пород. 12
• Поступление солей. 1 Основное количество солей (72%) поступает в озеро с подземными водами, с речными водами — 22%, с атмосферными осадками — 6%. 1
• Минерализация воды у побережий. 1 Она ниже, чем в открытой части озера, из-за взвешенных наносов, в большом количестве приносимых реками, а также из-за развития земледелия и поступления в озеро подземных вод с высоким содержанием хлоридных, сульфатных и натриевых ионов. 1