Эндогенные воды влияют на экосистемы подземных водоёмов, в частности, через формирование сложного химического состава вод. 1

Содержащиеся в составе эндогенных вод летучие компоненты (CO2, HCl, H2S и другие) придают им высокую агрессивность. 1 Это способствует выщелачиванию вмещающих пород и, как следствие, формированию вод с различным химическим составом. 1

Например, магматогенные воды, возникающие в областях современного вулканизма, могут быть обогащены хлором, натрием, кремнезёмом, бором и другими веществами. 4

Также эндогенные воды, фильтруясь через толщи пород, растворяют их, обогащаясь рядом элементов. 1 Выносимые водами микроэлементы (бор, йод, мышьяк, литий и другие) могут накапливаться в промышленных концентрациях, образуя месторождения. 1