Экология влияет на водоёмы в долинах крупных рек следующим образом:

• Прямое загрязнение. 2 Происходит в результате сброса в реки и водоёмы или в прибрежные полосы неочищенных или недостаточно очищенных сточных вод, органических остатков, бытового и технического мусора. 2
• Разрушение природных ландшафтов и биоценозов речных долин. 2 Как следствие, в водные объекты смываются наносы, излишки природных веществ, а также загрязнения. 2
• Инженерные перестройки русл и пойм. 2 Например, спрямление, углубление и канализование русл, прокладка трубопроводов, создание плотин и осушительных систем. 2
• Эвтрофикация. 4 Стоки с полей приносят в реки биогенные элементы (фосфор и азот), которые являются пищей для сине-зелёных водорослей. 4 Их разрастание приводит к эвтрофикации водоёмов: водоросли образуют на поверхности воды толстую плёнку, которая препятствует проникновению солнечного света в глубокие слои водоёма, угнетая другие водные растения и гибель промысловых рыб. 4

Для сохранения экологического состояния водоёмов в долинах крупных рек рекомендуется, например, сажать леса на склонах долин в верховьях рек, прекращать осушительную мелиорацию на болотах, сокращать потребление воды из рек для сельскохозяйственных нужд, запрещать размещение на берегах складов хранения удобрений, ядохимикатов, нефтепродуктов. 1