Деятельность человека может навредить экосистеме особо охраняемых природных территорий (ООПТ) по разным причинам, среди них:

• Воздействие на животный мир. 1 Отстрел, отлов, сбор животных, разрушение их убежищ, гнёзд и жилищ — всё это влияет на фауну и животное население. 1
• Лесопользование. 1 Рубки леса, создание лесных культур и уход за ними — всё это может привести к уменьшению биоразнообразия флоры и фауны. 2
• Сельское хозяйство. 1 Захват и распашка земель, их мелиорация и ирригация, выпас скота и заготовка сена — все виды сельскохозяйственной деятельности могут негативно влиять на экосистему. 1
• Загрязнение. 1 Промышленное загрязнение, применение пестицидов и удобрений, сброс и выбросы отходов и загрязняющих веществ — всё это вредит территории и её компонентам. 1
• Поселения и связанные с ними объекты. 1 Создание жилых и производственных зданий, сооружений, линейных коммуникаций (дорог, путепроводов, линий электропередач и т. д.) — всё это может негативно влиять на экосистему. 1
• Водопользование и изменения водного режима. 1 Целенаправленное или непреднамеренное изменение водного режима и свойств водных ресурсов, включая ирригацию, регулирование стока (устройство плотин и водоёмов) — всё это может навредить экосистеме. 1
• Пользование недрами. 1 Разведка и добыча полезных ископаемых, любые нарушения целостности почвенного покрова, естественных выходов минералов и обнажений горных пород — всё это влияет на экосистему. 1
• Катастрофы. 1 Любые явления комплексного разрушительного воздействия, угрожающие целостности или существованию охраняемых комплексов и объектов — наводнения, оползни, обвалы, лавины, ураганы, смерчи, пожары, взрывы, аварии на тепловых и энергетических сетях, трубопроводах, химически и радиационно опасных объектах. 1

Также к угрозам для экосистемы ООПТ относят браконьерство, «дикий» туризм и другие виды деятельности человека. 1