Численность байкальской нерпы влияет на экологическое состояние озера Байкал следующим образом:

• Нерпа выступает как регулятор численности пелагических (отчасти и донных) рыб Байкала. 1 Благодаря своей большой численности она потребляет огромное количество пелагических рыб, не используемых человеком, но являющихся пищевым конкурентом такого промыслового вида, как омуль. 1
• Благополучие популяции нерпы отражает не только состояние рыбных ресурсов, но и является показателем благополучия байкальского гидроценоза в целом, включая уровень антропогенного воздействия. 1

При этом нерпа замыкает пищевые цепи экосистемы Байкала, а значит, очень чувствительна к изменениям в нижележащих компонентах экосистемы и может являться индикатором состояния всего Байкала. 2