Человек может негативно повлиять на зимовальные ямы рыб, например, через браконьерство. 1 В состоянии зимней дремы рыбы особенно уязвимы, и браконьерам проще их поймать в зимовальных ямах. 1

Чтобы не допустить сокращения видового разнообразия, зимовальные ямы необходимо охранять. 1 В России и в некоторых странах СНГ за незаконную добычу рыбы на зимовальных ямах предусмотрена административная ответственность. 2

Кроме того, некоторые рыболовы, используя лодки, эхолоты и другие снасти, могут гонять рыбу по всей акватории, не оставляя ей места для отдыха или убежища, в том числе в зимовальных ямах. 5

Для охраны зимовальных ям создаются особо охраняемые природные территории (ООПТ). 1 Перечень таких территорий с указанием координат и границ утверждается на законодательном уровне и контролируется природоохранными службами. 2