Человеческая деятельность негативно влияет на природные зоны Индонезии, вызывая различные экологические проблемы. 12 Некоторые из них:

• Обезлесение. 1 Основные причины: лесоразработки, нелегальные вырубки, лесные пожары, подсечно-огневое земледелие, добыча полезных ископаемых. 1 Равнинные леса на многих островах, особенно на густонаселённом о. Ява, замещены сельскохозяйственными угодьями и застройкой. 1
• Загрязнение воды. 1 Происходит из-за сброса сточных вод и промышленных стоков, поступления промышленных и бытовых отходов, подкисления воды. 1 Отдельные участки водотоков загрязнены токсичными химическими веществами и тяжёлыми металлами (мышьяк, свинец, ртуть) из-за поступления пестицидов, используемых на полях и плантациях. 1
• Уничтожение коралловых рифов. 1 Отложение твёрдых наносов и ила в прибрежных акваториях морей, омывающих Индонезию, способствовало уничтожению коралловых рифов, затруднило доступ к гаваням и портам. 1
• Повреждение мангровых зарослей. 4 Около 600 тыс. га мангровых экосистем были повреждены по естественным причинам (большие волны) или в результате человеческой деятельности (прудовые хозяйства, плантации, строительство инфраструктуры в прибрежных районах и пр.). 4
• Угроза биоразнообразию. 1 Сохраняется угроза редким видам растений и животных в результате фрагментации и разрушения местообитаний, особенно в лесах. 1