Бункеровка может оказывать следующее влияние на экологию морей и океанов:

• Загрязнение морской воды. 2 В неё попадают балластные воды, сточные воды систем охлаждения и кондиционирования, штормовые и дождевые воды с открытых незагрязнённых участков палуб. 1 При чрезмерном или постоянном загрязнении моря сточными водами количество растворимого в воде кислорода уменьшается, что приводит к нарушению процесса естественного самоочищения. 2
• Воздействие на планктон. 1 Работа охладительных систем судов может приводить к частичной гибели планктона. 1
• Воздействие на зообентос. 1 При постановке судов на якоря и снятии с них происходит кратковременное и точечное пропахивание поверхности дна якорями и якорь-цепями. 1

Однако при штатном, безаварийном режиме проведения бункеровочных операций воздействие на морскую среду считается локальным, краткосрочным и слабым по интенсивности. 1

Для снижения негативного влияния на экологию рекомендуется использовать экологически чистые виды топлива, например сжиженный природный газ (СПГ). 45