Бифуркация реки Касикьяре влияет на экосистему региона Ориноко следующим образом: служит коридором для миграции видов между бассейнами Ориноко и Амазонки. 14

Во время половодья на реке Ориноко часть стока её верховьев по Касикьяре поступает в речную сеть Риу-Негру, а в многоводный период в бассейне Риу-Негру часть стока из верховьев этой реки стекает по Касикьяре в Ориноко. 3 Таким образом, река выполняет функцию полупроницаемого барьера (экологического фильтра) для обмена видами между фаунами верхнего течения Ориноко и Риу-Негру. 1

Кроме того, Касикьяре богата питательными веществами, которые служат пищей бесчисленным насекомым. 2