Бессточные озёра могут оказывать как положительное, так и отрицательное влияние на экосистему.

С одной стороны, в таких озёрах могут развиваться уникальные экосистемы, которые специализируются на высокой солёности. 5 В них могут обитать микроорганизмы, растения и животные, адаптированные к жизни в солёной воде. 5

С другой стороны, из-за замкнутости бессточных водоёмов происходит накопление вредных веществ, которые собираются с водосбора и приносимых через атмосферу. 4 Это может привести к зарастанию, заиливанию, заторфовыванию, превращению озёр в болота, что в итоге ведёт к обеднению биоты, потере полезных качеств водоёмов и даже исчезновению самого озера. 4

Кроме того, обмеление бессточных озёр из-за, например, климатических засух приводит к изменениям растительного покрова, что, в свою очередь, влияет на уменьшение численности и видового разнообразия животного населения на всех уровнях экосистемы. 2

Таким образом, влияние бессточных озёр на экосистему зависит от их особенностей и условий.