Баргузин влияет на жизнь местных жителей и экосистему Байкала следующим образом:

Для местных жителей река Баргузин обеспечивает возможность традиционных занятий, таких как охота, рыболовство и скотоводство. 4 В верхнем течении она горная, с множеством порогов и перекатов, что делает её подходящей для сплава. 1 В прибрежной зоне встречаются целебные минеральные источники. 1

Для экосистемы Байкала Баргузин играет важную роль, так как его разливы в половодье и образование системы малых озёр и многочисленных рукавов реки и её притоков создают условия для существования богатой флоры и фауны. 2 Побережье Баргузина — дом для разнообразных животных: соболей, лисиц, колонков, горностаев, рысей, косуль, кабарги, изюбров, лосей, кабанов, бурых медведей. 1 Берега привлекательны и для птиц, здесь можно увидеть множество их гнездовий. 1

Кроме того, в районе Баргузина расположен Баргузинский заповедник, который охраняет природную экосистему и генофонд региона. 5