По словам вице-губернатора Санкт-Петербурга Алексея Корабельникова, Суздальские озёра испытывают серьёзную антропогенную нагрузку, так как летом притягивают большое число отдыхающих.                                                                          www.interfax-russia.ru                       
 Некоторые факторы, влияющие на состояние озёр:
  - Несанкционированные свалки.                                                                          www.ntv.ru                                                                                               geoinfo.ru                       Загрязняющие вещества, особенно после дождей, впитываются в почву и попадают в реку Старожиловку, которая является связующим звеном всей системы озёр.                                                                          www.ntv.ru                       
  - Незаконные сбросы сточных вод.                                                                          geoinfo.ru                                                                                               www.fontanka.ru                       Встречаются прямые выбросы нечистот в реку.                                                                          www.ntv.ru                       
  - Проблемы с гидротехническими сооружениями.                                                                          www.ntv.ru                       Наибольшие сложности вызывают протоки, по которым водоёмы соединяются между собой.                                                                          www.ntv.ru                       
  - Размножение цианобактерий.                                                                          greenfront.su                       В частности, в Нижнем Суздальском озере активно размножаются сине-зелёные водоросли, которые выделяют токсичные вещества и могут вызвать массовую гибель рыб.                                                                          greenfront.su                       
  
 Для оздоровления озёр власти планируют ликвидировать свалки, бороться с незаконными сбросами, очищать акватории и удалять донные отложения, а также ремонтировать гидротехнические сооружения.                                                                          geoinfo.ru                                                                                               www.fontanka.ru