Антропогенное воздействие негативно влияет на экосистемы морей Европейской части России, вызывая различные нарушения. 1 Некоторые из них:

• Чрезмерная эксплуатация морских биоресурсов. 1 В частности, браконьерский промысел угрожает некоторым группам рыб и беспозвоночных. 1
• Загрязнение. 14 Оно может быть вызвано нефтепродуктами, выбросами морского транспорта и портов, отходами промышленных предприятий и бытовыми стоками, отходами сельского хозяйства, радиоактивными и токсическими веществами. 1
• Эвтрофикация. 24 Переудобрение вод моря приводит к бурному росту фитопланктона, уменьшению прозрачности вод и гибели многоклеточных водорослей. 4
• Сероводородное заражение придонных вод. 1 Это происходит, например, на северо-западе Чёрного и Азовского морей. 1 В результате дефицита кислорода гибнет донная фауна. 1
• Нарушение структуры экосистем. 1 В европейских морях России главной причиной негативных изменений стало чрезмерное изъятие массовых пелагических рыб, которые являются ключевыми звеньями пищевых цепей. 1
• Распространение чужеродных видов. 12 Например, в Балтийском море солоноватая вода способствует вторжению чужеродных видов, обитающих как в солёной, так и в пресной воде. 2

Наиболее высокие уровни загрязнения и сопутствующие экологические нарушения наблюдаются в мелководной прибрежной зоне вблизи населённых пунктов, портов, гаваней, а также в зоне влияния речного стока. 3