Антропогенное воздействие по-разному влияет на биологическое разнообразие агроландшафтов.

С одной стороны, система контурных лесополос и участков сплошного облесения способствует повышению видового разнообразия. 1 Лесополосы формируют большое количество микрозон и повышают общую влагообеспеченность, что позволяет произрастать в агроландшафте большому разнообразию видов растений, включая редкие. 1

С другой стороны, загрязнение почв может снижать биологическое разнообразие. 25 Например, избыток минеральных удобрений вызывает нарушения в биологической составляющей почвы, вследствие чего нарушаются процессы трансформации органического вещества. 2 А накопление тяжёлых металлов ухудшает состояние агроландшафтов, биопродуктивность угодий и приводит к загрязнению растительности и угнетению биоты. 5

Также без поддержки человеком агроландшафты неустойчивы: у них слабо выражена способность к саморегулированию, без поддержки они быстро распадаются или дичают и трансформируются в естественные биогеоценозы. 2