Ангарская ГЭС влияет на экологическую ситуацию в регионе следующим образом:

• Ухудшение качества ангарских вод. 1 В результате наносится урон рыбному хозяйству и нарушается микроклимат в районе водохранилищ. 1
• Создание слабопроточных обширных водохранилищ. 1 Из-за этого замедлился водообмен и ухудшилась самоочищающаяся способность водных масс. 1
• Сброс избыточного количества воды с ГЭС. 2 Это приводит к тому, что глубокие слои почвы, загрязнённые результатами работы промышленных предприятий, смываются в водоёмы. 2 Также возрастает риск попадания опасных веществ вместе с грунтовыми водами напрямую в реки и озёра. 2
• Повышение уровня воды в Байкале. 45 Под воду ушло 600 квадратных километров земель, было затоплено 127 населённых пунктов. 4
• Опасное воздействие на соры (мелководные заливы) на озере. 4 Многие из них являются питомниками молоди омуля. 4 При поддержании высоких отметок уровня Байкала происходит размыв кос. 4

Среди положительных последствий строительства ГЭС можно выделить выработку дешёвой электроэнергии и увеличение социально-экономического благосостояния местного населения. 1