Амурская река используется в судоходстве для грузовых и пассажирских перевозок. 15

Грузовые перевозки осуществляются в основном в международном сообщении, например, между пунктами Благовещенск — Хэйхэ, Поярково — Сюньхэ через государственную границу Российской Федерации и Китайской Народной Республики. 1 На внутреннем сообщении действует только экскурсионно-прогулочный маршрут по реке Амур в районе города Благовещенск. 1

Для некоторых районов Амурской области — Шимановского, Мазановского и Селемджинского — речной транспорт является жизнеобеспечивающим и безальтернативным. 5

Судоходство на Амуре представляет трудности из-за мелководных перекатов и узких мест с каменистым дном и быстрым течением. 3 В навигацию перепад глубин на судовом ходу достигает 3,5–4,0 м. 3 В штормовую погоду в районе порта Николаевск-на-Амуре высота волн может достигать 2 м, что также представляет опасность для судов. 3