Аллохтонная микрофлора влияет на процессы самоочищения водоёмов, изменяя микробный пейзаж и санитарный режим водоёма. 5 Загрязнение микроорганизмами, попадающими со сточными, ливневыми, талыми водами, может привести к нарушению самоочищения. 5
Например, в одном из озёр (Хедо) нарушение самоочищения к осени 2009 года было следствием доминирования аллохтонной бактериальной флоры над автохтонной. 4
Однако условия водоёмов не являются благоприятной средой для размножения аллохтонных микроорганизмов, поэтому они через определённое время отмирают. 1
Таким образом, взаимоотношения между автохтонной и аллохтонной микрофлорой определяют эффективность освобождения водоёмов от загрязнения органическими субстратами и патогенными микроорганизмами. 13