Зверобой продырявленный в дикой природе встречается повсеместно. 1 Он растёт вдоль опушек хвойных лесов, на сухих лугах и лесных солнечных полянах. 1 Также встречается как сорняк вдоль лесных дорог и по окраинам полей. 1

Распространён в Евразии — от Атлантического побережья до Сибири, Монголии и Китая. 1 Ещё встречается в Северной Африке, на Канарских и Азорских островах. 1 Как натурализовавшееся растение встречается в Австралии, Новой Зеландии, Японии, Южной и Северной Америке. 2

В дикой природе зверобой продырявленный растёт в лесной и лесостепной зонах. 4 Редко образует крупные заросли, чаще растёт узкими полосами вдоль опушек или небольшими куртинами на суходольных, разнотравных, остепненных лугах, лесных полянах, вырубках, в разреженных сосновых и сухих хвойно-мелколиственных лесах, дубовых рощах, берёзовых колках. 4 В горных районах — в предгорьях, в нижнем и среднем горном поясе на каменистых склонах, редко поднимается до субальпийских лугов (до 2300 м над уровнем моря). 4