Фторапатит встречается в природе в разных местах, например:

• Магматические горные породы. 5 Минерал — вспомогательный компонент в сиенитах, щелочных породах, карбонатитах, гранитных пегматитах. 5
• Метаморфические горные породы, богатые кальцием. 15 Фторапатит распространён в мраморах и скарнах, в трещинах альпийского типа и гидротермальных оловянных жилах. 5
• Осадочные породы. 15 Минерал встречается в виде обломочного или диагенетического компонента в оолитовых железняках, фосфатно-карбонатных породах и сланцах. 5
• Латеритные почвы. 12 Фторапатит — остаточный минерал в таких почвах. 2

Промышленные залежи фторапатита редки. 3 Крупнейшее в мире месторождение — Хибинское на Кольском полуострове в России. 3 Месторождения фторапатита известны также в Бразилии, Мексике, США, Чили, ЮАР, Финляндии, Испании, Норвегии и других районах мира. 3