Плаун годичный в России обычно растёт в европейской части, в Предкавказье, Западной и Восточной Сибири, на Дальнем Востоке. 12
Произрастает в сырых мшистых хвойных и лиственных лесах. 1 В заболоченных березняках может образовывать сплошной покров. 1 Является обычным представителем на севере лесной зоны, на юге встречается реже, спорадически. 1 В горах доходит до верхнего горного пояса. 1
Также плаун годичный растёт на сыроватых мшистых участках хвойных и смешанных лесов, а также по окраинам болот. 3 Например, на территории национального парка «Тульские засеки» растение можно встретить на границе леса и болота на участке «Засечный-Озёрный». 3