Исток реки Шелони находится в Дедовичском районе Псковской области на Судомской возвышенности. 1 Он расположен в больших болотах, в 23 км к юго-востоку от посёлка Дедовичи, в частности, в 1 км к юго-востоку от озера Селезень рядом с урочищем (бывшей деревней) Новая Слобода. 24

Координаты истока: 57°23′42″ с. ш., 30°12′33″ в. д.. 24 Высота истока — 85 м. 1

Также исток Шелони выходит из болот на границе Бежаницкого и Дедовического районов Псковской области в 2,5 км юго-восточнее от села Новая Слобода. 5