Да, у критерия Поппера есть некоторые недостатки. 15

По мнению некоторых специалистов, применение этого критерия в ряде наук (например, в экономике) может быть деструктивным, поскольку ведёт к признанию их антинаучного характера. 1

Также существует тезис Дюэма — Куайна, который гласит, что в силу системного характера научного знания эмпирическая проверка отдельно взятых положений теории может быть невозможна, при сохранении, однако, возможности проверки теории как целостной конструкции. 1

Ещё один недостаток критерия Поппера заключается в том, что он является необходимым, но не достаточным условием научности гипотезы. 2 Например, существует множество гипотез, которые удовлетворяют этому критерию, но выглядят ненаучными. 2

Кроме того, требование немедленно отбрасывать теорию, как только она встречается с опровержением некоторой части её выводов, не согласуется с реальной практикой науки — научное сообщество часто вынуждено сохранять даже опровергнутую теорию до создания более успешной. 1