Да, за каждый год, за который осуществляется возврат налогового вычета за лечение (в данном случае за 2016 и 2017 годы), необходимо заполнять отдельную декларацию. 1
Бланк декларации нужно заполнять по той форме, которая действовала в конкретном периоде — в том, за который хочется получить вычет по НДФЛ. 4