Чарынский каньон уникален как геологический объект по нескольким причинам:

• Геологическое разнообразие. 1 В каньоне можно встретить осадочные, базальтовые, глинистые и даже вулканические породы. 1
• Следы древней геологической истории. 1 Каждый пласт скальных массивов содержит следы изменений климата и природных катастроф, происходивших здесь на протяжении миллионов лет. 1
• Необычные формы рельефа. 5 Под воздействием тысячелетних процессов выветривания осадочных пород сформировались останцы в виде столбов, башен, часовен. 5
• Отложения разных геологических периодов. 24 На обнажённых пластах каньона видны отложения неогенового, пермского и каменноугольного периодов, а также граниты, образовавшиеся во время ордовика. 5
• Останки вымерших животных. 25 В обрывах каньона иногда обнаруживают останки мастодонтов, слонов, носорогов, гиен и однопалых лошадей Стенона. 5