Добавить папку .git в Git невозможно. 1
Директория .git — это и есть сам Git-репозиторий, в ней хранятся все индексы (история) файлов, которые были созданы. 1 Если переименовать эту папку, утилита Git не будет видеть репозиторий. 1 Например, при вводе команды git status после переименования папки Git скажет, что в текущей директории репозиторий не инициализирован. 1
Если нужно добавить один репозиторий в другой, лучше воспользоваться механизмом submodule. 2
Также при попытке добавить в репозиторий файл с именем HEAD, расположенный в каталоге с именем .git, разработчики Git выдают ошибку. 2 То же самое относится и к файлам .git/config, .git/description, .git/hooks/* и .git/info/*. 2