Некоторые задачи межрегионального управления Росприроднадзора:

• координация, организационное и методическое руководство деятельностью территориальных органов службы и подведомственных учреждений; 5
• контроль деятельности территориальных органов службы, в том числе путём планирования, организации и участия в проведении плановых и внеплановых проверок; 5
• контроль за исполнением структурными подразделениями центрального аппарата, территориальными органами и подведомственными организациями возложенных на них задач; 5
• контроль за выполнением территориальными органами службы и подведомственными учреждениями задач бюджетного и бухгалтерского учёта, соблюдением требований по их ведению и составлению отчётности; 5
• укрепление финансовой дисциплины в территориальных органах службы и подведомственных учреждениях, контроль за целевым, эффективным и результативным использованием финансовых ресурсов и федерального имущества. 5

Также межрегиональное управление Росприроднадзора осуществляет федеральный государственный экологический надзор, в том числе за геологическим изучением, рациональным использованием и охраной недр, государственный земельный надзор, надзор в области обращения с отходами и другие. 14