Озеро Баскунчак уникально с точки зрения геологического строения тем, что представляет собой «мульду проседания», образовавшуюся между постоянно воздымающимися из глубин Прикаспийской низменности соляными куполами (штоками). 1

Котловина озера появилась в результате компенсационного понижения в ответ на рост соляных куполов. 3 Непрерывное поднятие куполов, их выщелачивание подземными водами, перенос и переотложение растворённых солей в понижении озера — это цепочка природных процессов, предопределившая накопление огромных залежей галита. 1

Ещё одна особенность — механизм ежегодного природного восстановления запасов минеральных солей в озере за счёт выщелачивания подземными и поверхностными водами пород, слагающих солянокупольные структуры, и сноса в него высокоминерализованных рассолов. 14