Озеро Абрау уникально с точки зрения флоры и фауны тем, что в нём обитают редкие и исчезающие виды биоты, характерные для прибрежной зоны. 1

Некоторые представители фауны:

• Абрауская тюлька. 34 Местный эндемик, занесённый в Международную и Красную книги России. 1 Из-за заиления дна и ухудшения качества воды этот вид оказался под угрозой полного исчезновения. 3
• Реликтовые рачки. 13
• Бокоплав. 3 Водится в придонных слоях. 3
• Прессноводный краб. 3 Обитает по берегам. 3

Среди представителей флоры можно выделить:

• Многие растения, занесённые в Красные книги России и Краснодарского края. 1 Среди них — дубы, липы, грабы, кусты можжевельника, скумпия. 1
• Эфирномасличные культуры, такие как лаванда, розмарин. 3 Также здесь можно встретить инжир и виноград. 3

Озеро Абрау считается памятником природы и относится к особо охраняемой природной территории. 1 Для сохранения уникальной экосистемы на территории озера и его окрестностей создан природный заповедник. 5