Флора и фауна заповедника «Шульган-Таш» уникальны следующим образом:

• Разнообразие растительного мира. 1 Выявлено 816 видов высших сосудистых растений, 184 вида мхов, 233 вида лишайников, 117 видов грибов, 202 вида водорослей и цианобактерий. 1 Реликтовые и эндемичные виды составляют около 10% всей местной флоры. 1 Наиболее редкие растительные сообщества — реликтовые ельники и горные каменистые степи. 1
• Разнообразие животного мира. 1 На территории заповедника встречаются рыбы 30 видов, земноводные 5 видов, пресмыкающиеся 6, птицы 206, млекопитающие 61 вида. 1 В Красную книгу РФ занесён 31 вид животных, в Красную книгу Башкортостана — 67 видов. 1 Здесь обитают все типичные лесные виды средней полосы России. 1 Необычно велика плотность обитания бурого медведя. 1
• Наличие бурзянской бортевой пчелы. 13 Для поддержки её популяции и был создан заповедник «Шульган-Таш». 1