Флора вокруг Ординской пещеры уникальна тем, что она размещена в центре реликтовой островной Кунгурской лесостепи. 2 Здесь выявлено 133 вида высших растений, в том числе растения, занесённые в Красную книгу: ковыль перистый (Красная книга РФ) и василёк сибирский (Красная книга Пермского края). 2

Из редких растений в окрестностях пещеры встречаются прострел желтеющий, ковыль перистый, василёк сибирский и мордовник обыкновенный. 1

Фауна также уникальна: в Ординской пещере обитает рачок крангоникс Хлебникова, единственный троглобионт пещер Пермского края, занесённый в Красную книгу. 1 В прозрачной воде пещерных озёр обитают рачки и небольшие лягушки. 3