Флора и фауна Керженского заповедника уникальны тем, что отражают природные комплексы южной тайги. 12 Растительность представлена в основном сосновыми (около 60% площади заповедника) и мелколиственными лесами (около 35% площади лесов) и болотами. 12

Среди особенностей флоры:

• Сосняки в зависимости от увлажнения представлены от сухих — лишайниковых — боров до сырых — сфагновых. 1
• Ельники занимают небольшие площади, которые расположены преимущественно в долине реки Керженец и в основном являются широколиственно-хвойными лесами (с примесью липы и дуба). 1 Под пологом ели встречаются растения, характерные для тайги и для широколиственных лесов. 1
• На территории заповедника сохранились в естественном состоянии около 30 торфяных болот. 12 В основном это сфагновые переходные и верховые болота. 1
• Отмечено 385 видов грибов, 207 видов лишайников, 841 вид водорослей, 218 видов мохообразных, 651 вид сосудистых растений. 1 Здесь в общей сложности встречается 68 видов растений и грибов, занесённых в Красные книги России и Нижегородской области. 1

Фауна заповедника также разнообразна: здесь обитают ценные животные (бобр, выхухоль, выдра, глухарь, беркут, скопа, аполлон, ночница Брандта и другие) и редкие растения (пыльцеголовник красный, венерин башмачок настоящий, неоттианта клобучковая и другие). 1