Флора и фауна Кандалакшского заповедника уникальны следующим образом:

• Растительность. В заповеднике известно около 700 видов сосудистых растений и около 400 видов мохообразных. 1 Растительность меняется от типично тундровой до северотаёжной. 1 Среди деревьев доминирующими являются сосна, ель, берёза (в том числе карликовая), ива, рябина, северный можжевельник и ольха. 3
• Фауна. Обитают 67 видов млекопитающих, 258 — птиц, 2 — рептилий (живородящая ящерица, обыкновенная гадюка), 3 — амфибий (серая жаба, остромордая и травяная лягушки). 1 В акваториях заповедника обитает много видов водоплавающих птиц, в том числе гага обыкновенная, ради которой создавался заповедник. 1
• Морские животные. В водах заповедника на Белом море живут кольчатая нерпа и морской заяц, а у побережья Мурмана — серый тюлень (тевяк). 1 Изредка сюда заходит представитель китов — белуха. 1
• Ихтиофауна. Богата навага, треска, камбала, пинагор, бычки. 1 В кандалакшских шхерах нерестится знаменитая беломорская сельдь. 1