Природный комплекс заповедника Барсакельмес в Казахстане уникален по нескольким причинам:

• Экстремальные экологические условия. 24 Заповедник находится в зоне экологической катастрофы глобального масштаба — снижения уровня Аральского моря. 24 Это позволяет изучать процессы аридизации климата, опустынивания природных комплексов, перестройки состава и структуры экосистем. 24
• Разнообразие флоры и фауны. 24 Флора сосудистых растений заповедника включает 278 видов, в том числе эндемичные казахстанские виды: полынь, лебеда Пратова, жузгуны, тюльпан Борщова. 24 На территории обитают редкие, занесённые в Красную книгу виды животных: кудрявый пеликан, белоглазый нырок, мраморный чирок, малая белая цапля, филин, саджа, кречётка и другие. 24
• Важность для миграционных путей птиц. 3 Водно-болотные угодья Малого Арала играют роль мест остановок и отдыха на миграционном пути птиц, связывающем Сибирь с местами их зимовок в Южной и Передней Азии и Африке. 3
• Геомагнитные аномалии. 1 На территории заповедника происходят геомагнитные аномалии, из-за которых у путников часто сбиваются компасы. 1