Флористический состав Байкальского заповедника уникален большим разнообразием видов. 13 Во флоре насчитывается более 1700 видов, в том числе 1169 видов сосудистых растений (около 60 редких) и 775 видов лишайников. 1 Особый интерес представляет эндемичная сизохвойная форма ели сибирской. 1

Фауна заповедника типична для гор Южной Сибири. 1 Включает около 50 видов млекопитающих, среди которых соболь, бурый медведь, росомаха, лисица, марал, белка, бурундук, рысь, северный олень, лось, кабан и другие. 1 Также в заповеднике обитают более 250 видов птиц, в том числе 162 вида постоянно гнездящихся. 1

Кроме того, многие виды растений и животных занесены в Красную книгу, что подчёркивает высокую ценность каждого компонента экосистемы. 3