Флора и фауна заповедника «Керженский» примечательны следующим образом:

• Растительность. На территории заповедника представлены природные комплексы южной тайги. 1 Растительность представлена в основном сосновыми (около 60% площади заповедника) и мелколиственными лесами (около 35% площади лесов) и болотами. 1 Ельники занимают небольшие площади, которые расположены преимущественно в долине реки Керженец и в основном являются широколиственно-хвойными лесами (с примесью липы и дуба). 1 Под пологом ели встречаются растения, характерные для тайги и для широколиственных лесов. 1
• Болота. На территории заповедника сохранились в естественном состоянии около 30 торфяных болот. 1 В основном это сфагновые переходные и верховые болота. 1
• Виды растений. Отмечено 385 видов грибов, 207 видов лишайников, 841 вид водорослей, 218 видов мохообразных, 651 вид сосудистых растений. 1 Здесь в общей сложности встречается 68 видов растений и грибов, занесённых в Красные книги России и Нижегородской области. 1
• Животные. На территории Керженского заповедника отмечено 170 видов птиц, принадлежащих к 45 семействам 15 отрядов. 1 Здесь также встречаются ценные животные: бобр, выхухоль, выдра, глухарь, беркут, скопа, аполлон, ночница Брандта и другие. 1

Поскольку заповедник находится в переходной зоне на границе трёх регионов — тайги, широколиственных лесов и степи, — здесь обитают животные, характерные для каждого из них. 3 К таёжным видам относятся карибу, росомаха и белка. 3 В широколиственных лесах на западе обитают куницы, норки и лесные мыши. 3 К степным видам относятся полевки, ежи и полевые мыши. 3 Повсюду обитают более крупные лесные млекопитающие: волк, лиса, барсук, горностай, ласка и медведь. 3