Чем отличаются железные дороги России федерального значения от региональных?

Возможно, имелись в виду различия между магистральными железными дорогами, которые относятся к федеральному уровню, и путями, обслуживающими население региона и принадлежащими субъектам РФ. neftegaz.ru web.archive.org

Некоторые отличия:

• Финансирование строительства и реконструкции. neftegaz.ru Магистральные железнодорожные линии, объекты мобилизационного назначения, приобретение подвижного состава относятся к федеральным государственным нуждам и финансируются за счёт средств федерального бюджета и собственных средств железных дорог. neftegaz.ru
• Управление. neftegaz.ru Перевозочным процессом на железных дорогах федерального значения управляет федеральный орган исполнительной власти в области железнодорожного транспорта. neftegaz.ru Региональные органы власти и органы местного самоуправления не вправе вмешиваться в эту деятельность, за исключением случаев, предусмотренных законодательством РФ. neftegaz.ru
• Тарифы на перевозки. web.archive.org Ценообразование (тарифы) грузовых перевозок регулируется на федеральном уровне Федеральной службой по тарифам. web.archive.org Тарифы на пригородные перевозки устанавливаются на уровне субъектов РФ, чтобы достичь баланса между региональными социальными интересами и безубыточностью перевозок. web.archive.org

Помимо сети РЖД, пассажирские и грузовые перевозки осуществляются и на других железных дорогах, не входящих в холдинг: Крымской железной дороге, Железных дорогах Якутии, Норильской железной дороге и прочих. ru.ruwiki.ru