Чем отличаются задачи территориальных органов безопасности от подразделений в Вооруженных Силах?

Возможно, имелись в виду различия в сферах деятельности территориальных органов безопасности и органов безопасности в Вооружённых Силах Российской Федерации.

Территориальные органы безопасности отвечают за обеспечение безопасности в отдельных регионах и субъектах РФ. www.consultant.ru Среди их задач, например:

• предотвращение террористических актов и преступлений террористической направленности; mingos.astrobl.ru
• выявление, предупреждение, пресечение, раскрытие и расследование готовящихся, совершающихся и совершённых террористических актов; mingos.astrobl.ru
• добывание информации о событиях или действиях, создающих угрозу терроризма. mingos.astrobl.ru

Органы безопасности в Вооружённых Силах занимаются обеспечением безопасности в Вооружённых Силах РФ, других войсках и воинских формированиях, а также в их органах управления. web.archive.org www.consultant.ru

Таким образом, основное отличие заключается в сферах ответственности: территориальные органы безопасности фокусируются на обеспечении безопасности в регионах, а органы безопасности в Вооружённых Силах — на обеспечении безопасности в специфической военной среде.