Региональные и федеральные заповедники отличаются по своему статусу и управлению. 13

Федеральные заповедники находятся в ведении Российской Федерации и в подчинении федерального Министерства природных ресурсов и экологии. 3 Исключительно к объектам федерального уровня относятся государственные природные заповедники и национальные парки. 1

Региональные заповедники находятся в ведении субъектов России — областей, краёв, республик. 3 Исключительно региональными особо охраняемыми природными территориями (ООПТ) являются природные парки. 1 К ООПТ регионального значения также могут быть отнесены памятники природы, государственные природные заказники, ботанические сады и дендрологические парки. 1

Кроме того, заповедники отличаются по правилам пребывания и режимам природопользования на территории: посещение заповедников федерального значения осуществляется только при наличии соответствующего разрешения, а для региональных ООПТ такое ограничение может быть введено в рамках субъектового нормативно-правового регулирования. 1