Понятия «нивелировать» и «элиминировать» отличаются по своим значениям:

1. Нивелировать в значении «геодезическое» — определять высоту точки (точек) земной поверхности относительно некоторой выбранной точки или над уровнем моря. 17 В переносном смысле — уничтожать, сглаживать различия между кем-либо, чем-либо, устранять индивидуальные особенности чего-либо. 17
2. Элиминировать в значении «книжное» — удалять, исключать, устранять что-либо. 25 В математическом контексте — исключать неизвестное из системы уравнений. 25

Таким образом, нивелировать относится к геодезическим действиям, а элиминировать — к действиям по удалению и исключению чего-либо в книжном и математическом контекстах.