Основное отличие лесов в водоохранных зонах от лесов в зелёных зонах заключается в их функциях и целях выделения.

Леса в водоохранных зонах расположены вдоль водных объектов и предназначены для сохранения средообразующих, водоохранных, защитных, санитарно-гигиенических, оздоровительных и других полезных функций. 4 Такие леса предохраняют берега от эрозии и разрушения, выполняют роль естественного фильтра и обеспечивают чистоту воды в водных объектах. 4

Леса в зелёных зонах выделяются в целях обеспечения защиты населения от воздействия неблагоприятных явлений природного и техногенного происхождения, сохранения и восстановления окружающей среды. 13

Таким образом, цель выделения лесов в водоохранных зонах — охрана водных ресурсов, а лесов в зелёных зонах — защита населения и окружающей среды.