Чем отличаются функционально-административные регионы от природных?

Возможно, имелись в виду различия между природными и экономическими (функционально-административными) регионами.

Границы природных регионов — естественные, более выраженные. dzen.ru Природное районирование основано на физико-географических признаках: выделяют, например, арктические пустыни, тундру, лесотундру, тайгу и другие природные зоны. foxford.ru

Границы функционально-административных регионов проведены человеком и учитывают административные границы регионов. dzen.ru Такое деление необходимо для координирования хозяйственной деятельности, решения вопросов здравоохранения, образования и других. foxford.ru

При этом порой природные и экономические регионы носят одинаковые названия, хотя их границы не совпадают (например, Западная Сибирь). wika.tutoronline.ru

Таким образом, природные регионы основаны на природных признаках, а функционально-административные — на административных и хозяйственных особенностях территории.