Некоторые отличия дизайна мотоцикла BMW F650CS от других моделей серии F650:

• Необычный внешний вид. 1 Мотоцикл F650CS был разработан в партнёрстве между BMW и Aprilia и отличался элементами, напоминающими бытовую технику. 1 Например, яркими панелями кузова, полупрозрачными ручками для поручней пассажиров и удобным отсеком для хранения. 1
• Использование необычных цветовых решений. 13 Для F650CS были выбраны три цвета, ориентированные на молодёжь: лазурно-голубой металлик, золотисто-оранжевый металлик и белужий синий. 1
• Размещение топливного бака. 12 В отличие от других моделей серии, топливный бак F650CS был размещён под задней половиной сиденья, а крышка топливной горловины находилась с правой стороны задней части мотоцикла. 1
• Односторонний поворотный рычаг. 1 F650CS был первым мотоциклом с одноцилиндровым двигателем и ременным приводом, использующим односторонний алюминиевый поворотный рычаг для управления задним колесом. 2