Змееголовник, как и другие растения семейства Яснотковые (губоцветные), имеет некоторые общие характеристики, но есть и отличия, например:

• Форма цветков. 28 Цветки яснотковых похожи на раскрытый зев или пасть с двумя губами, направленными вверх и вниз, а иногда разделёнными на различные лопасти. 23 У змееголовника цветки по форме напоминают змеиную голову, отсюда и название растения. 17
• Жизненные формы. 25 Большинство яснотковых — однолетние и многолетние травы, реже полукустарники и кустарники, иногда встречаются древовидные формы. 23 Змееголовник может быть как однолетним, так и многолетним, иногда встречается в виде кустарничков или полукустарничков. 67
• Корневая система. 14 У змееголовника корень стержневой, что позволяет растению добывать влагу из глубоких слоёв почвы. 4 Это делает змееголовник устойчивым к засухе, но чувствительным к переувлажнению. 4
• Плод. 28 У яснотковых — дробный плод, ценобий, который состоит из четырёх орешкообразных односеменных частей. 28 У змееголовника плод — гладкий орешек. 7