Урбоэкология и классическая экология имеют разные объекты изучения и задачи.

Урбоэкология — наука о взаимосвязи и взаимодействии во времени и пространстве двух систем — городской (её социальной, технической, энергетической, информационной, административной подсистем) и естественной. 1 Она исследует урболандшафты, изменения природно-пространственных ресурсов города, его почвенного покрова, воздушного бассейна, поверхностных и подземных вод, растительного и животного мира, различные виды загрязнений. 1

Классическая (биологическая) экология исследует связи между живыми системами (организмами, популяциями, сообществами) и условиями их обитания, как в настоящее время, так и в прошлом (палеоэкология). 3 Различные разделы биологической экологии изучают разные живые системы: аутэкология — экологию организмов, популяционная экология — экологию популяций, синэкология — экологию сообществ. 3

Таким образом, основное отличие в том, что урбоэкология фокусируется на изучении городских экосистем и их взаимодействия с окружающей природной средой, в то время как классическая экология изучает биологические системы на уровнях особей, популяций, видов, сообществ. 8