Транспортная инфраструктура северной и южной Патагонии имеет некоторые отличия.

В северной части населённые пункты горной части Рио-Негро связаны между собой автобусным сообщением. 4 На побережье можно добраться морским путём. 4

В южной части через Патагонию проходит единственная дорога — Карретера Аустраль. 5 Она заканчивается в Вилла о’Хиггинс, и дальнейшее передвижение возможно только на катере или по земле через Аргентину. 5 В Чилийской Антарктике мало дорог, и основной вид транспорта там — водный. 5

Кроме того, в южной и центральной частях Патагонии, куда приезжает больше всего туристов, находятся самые известные национальные парки, вершины и ледники. 3 Северная часть менее популярна, но здесь тоже много национальных парков и гораздо меньше туристов. 3